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丛菌与许多植物病原菌相克。这些植物病原菌包括根部腐病菌、生物性土传病原菌和真菌性病原菌。丛菌通常通过产生抗生素、抑制病原菌生长、竞争营养物质等方式来抑制这些病原菌的生长和繁殖。这种相互作用被称为“丛菌-病原菌拮抗”。丛菌的拮抗作用对植物健康和生长发育具有重要作用，因此丛菌被广泛应用于植物病害防治。
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